相信很多玩家玩过三代之后，对于游戏的剧情依然是云里雾里，其实这也不能够怪玩家，游戏中有着大量的隐喻以及隐藏线索，下面就是游戏的主线剧情。
一代剧情
游戏发生前14年，在美国中部的临湖小镇寂静岭，一个阴谋正在酝酿当中。
由于寂静岭自南北战争起就有崇拜邪恶的堕落天使samael的传统，所以当地的一个秘密的邪教团体在一名名叫daliea的老女巫的策划下(主要成员是daliea，当地的医院的医生kaufman，一名亚裔医生和一个不明身份者)，用仪式来使一名具有samael之力的婴儿诞生，而那婴儿就是daliea的亲生女儿alesa，可是仪式的结果却是阿蕾莎只获得了一半的samael之力。
daliea的仪式虽然失败，但她并不甘心，百般劝诱7岁的阿蕾莎把神力给她。
聪明的阿蕾莎知道母亲不怀好意，所以总是婉言相拒。
daliea于是采用了极端手段，和考夫曼医生一起将阿蕾莎反锁在湖边的小房子里并放火烧房，这场大火使得半个寂静岭被烧毁。
在大火中阿蕾莎严重烧伤，并被下咒处于濒死状态，转移到当地的医院的秘密地下看护所看护起来(看护她的就是美丽的丽莎护士)。
这样做是因为daliea认为可以用对肉体折磨的办法唤醒阿蕾莎体内的samale，但是即使这么做也毫无结果。
7年后，邪教出于百般无奈于是决定举行第二次仪式，让另一半具有sameal神力的孩子降生。
丽莎出于阿蕾莎的悲惨遭遇和自身的正义感于是设法将孩子偷偷带出医院后藏匿于郊外的公路边，结果这个孩子被一代的主角哈里梅森捡到，取名叫雪丽，成了他的女儿。
丽莎的行动被考夫曼发觉，最终被其所杀。
又过了7年，daliea终于察觉到了雪丽的行踪，于是施法将她召唤到寂静岭来，同时也“召”来了哈里。
她在哈里的必经之路上制造了阿蕾莎的幻象结果使得哈里的车子出了意外(但她没想到还“带”来一个临镇的女警察西比尔)，哈里本人因此昏迷不醒。
daliea于是施法将昏迷的哈里，雪丽以及西比尔还有考夫曼(因为他们有过协定平分samael的力量)的精神都拉入她所创造的“寂静岭”中，一个只有白天且大雾弥漫，充满怪物但无人的小镇。
这样有助于避开公众和警方的视线，方便她做邪教工作。
因为在真的寂静岭，当地的警方正在追查邪教用来扩大教会所分发给教徒的迷幻药品的来源。
此外，这个“寂静岭”为了使哈里相信自己是在真的寂静岭而完全地拷贝了真正的寂静岭。
与此同时，身在医院地下的阿蕾莎感到了雪丽的到来，于是运用自己的力量创造了一个“寂静岭”(这个寂静岭总是下雨，充满了无尽的黑暗)，并把自己深藏在其中以躲避她那邪恶的母亲。
当然，她也感到了哈里的存在，所以在把雪丽接纳到自己的黑暗的寂静岭世界中后，直接用自己创造的怪物“杀死”了哈里。
可是哈里并没有死，daliea觉得这个男的可以利用，她救了哈里，并把他弄到自己世界中的咖啡馆与女警察碰面。
接下来她让哈里继续找寻线索(她也在找雪丽)，没想到在学校搜寻时竟让她在那里抓到了雪丽。
阿蕾莎意识到雪丽被抓，觉得为了不让daliea得手，一定要阻止哈里继续搜寻(因为哈里一旦得到daliea的协助很有可能找到她的所在)。
于是将哈里进入时钟塔后将学校的世界转换成自己的黑暗般的地狱世界，以此希望哈里放弃搜寻，但哈里的爱女之心是坚定不移的。
他在摧毁了阿蕾莎在学校布下的“防线”后，继续向医院方向前进。
daliea见此情景后喜出望外，她更加觉的哈里能“帮助”她抓到阿蕾莎，于是给了他一样圣物flaura(这东西是大天使metratron的象征，具有能使samael的力量消弱的神力)。
在医院，阿蕾莎再次层层设防，并将护士丽莎的灵魂具现化，控制她的灵魂以此来拖住哈里，使他放弃找寻。
结果当然是失败了，于是情节就这么发展下去，直到哈里接近了阿蕾莎在公园附近真正的藏身之地时，阿蕾莎只好控制了女警察西比尔来阻止哈里，结果却被哈里用在医院搞到的，由考夫曼制造的，用来对付被samael控制的人用的红色药水样本(当然哈里是不知道的)给击败了。
阿蕾莎于是只好现身来亲自对付哈里梅森，可是她立刻被flaura吸掉了全部的力量。
与此同时，daliea出现了(她终于利用哈里抓到了阿蕾莎，要是她自己进入阿蕾莎的世界来抓的话阿蕾莎只会把自己藏得更深)。
她带走了阿蕾莎，以用来与雪丽合体使samael降临。
哈里也终于搞清了其实他是被利用了，他只能用自己的手来了结这一切。
经过一系列的冒险，在daliea举行的仪式上，他和考夫曼(哈里救了他一次，现在他以为dalia要独吞sameal的力量所以前来阻止她)终于用考夫曼藏在别处的(差点被哈里拿走)最后一瓶红色药水的样本将已经合体的阿蕾莎体内的堕天使samael排出体外并摧毁了其肉身。
(在这一战中daliea被samael杀死，得到了她应有的下场，考夫曼也被拖入了地狱--这也是他罪有应得)。
sameal的本体被消灭(但他那被释放的精神却一直在寂静岭里存在下去)，alesa也不行了(在被烧成重伤后她的生命全靠samael的力量支持的)，她感谢哈里帮助她摆脱了她那邪恶的母亲的控制，于是“生”了一个灵魂纯洁的婴儿作为报答，并给哈里和女警官指示了逃出自己那快要崩溃的黑暗的寂静岭的世界的道路后死去了。
哈里梅森和西比尔最终逃离了寂静岭。
二代剧情
本作的主人公詹姆士(James)某天突然收到一封神秘信件，署名竟然是3年前已故的爱妻玛丽(Mary)，信中叫他去寂静岭曾经属于他们俩的特殊地方(Special Place)。
满怀期望和疑惑的詹姆士驾车 进入游戏画面来到寂静岭，希望能找到事情的真相。
此时的寂静岭已经被大雾所包围，怪物的出现和潜意识里片段记忆的浮现更是让詹姆士的内心不安。历经几翻周折后，詹姆士终于来到了妻子在信中提到的“Special Place”所在地：Toluca湖畔Lakeview Hotel的302室，这里也是他们新婚蜜月旅行时住的地方。
在这里，他从一盘录像带中看到的影象，将他来到寂静岭之后所苏醒的潜意识里的片段记忆串联起来，原来3年前身患绝症妻子玛丽并没有马上死去，而是自己内心认定妻子已经死了，并且强迫性的忘却妻子的死因。
而现在他全都记起来了。詹姆士也是因为潜意识中的“犯罪感”，来到了寂静岭：赎罪之地。
由于当时妻子病倒在床上，詹姆士天天去医院照顾她，但妻子的病情逐渐恶化，情绪也变的很暴躁，经常指责詹姆士。
开始的时候，詹姆士因为深爱着妻子，所以处处忍让。
长期下来他的精神陷入了极度压抑之中，加上住院期间医药费造成的承重的经济负担，詹姆士再也忍受不了这种精神上的折磨。
看着被病魔折磨的面容枯槁的妻子，他认为妻子的死只是时间的问题，于是产生了让妻子安乐死的念头，这样可以结束彼此的痛苦和折磨。但他怎么也不忍心杀害自己一直深爱的妻子。
徘徊在道德和现实的矛盾之间，詹姆士最终选择了离弃妻子，因为不想受到良心上的谴责，就强迫自己忘却这段记忆，内心也认定妻子已经死亡。
此时身处医院的玛丽内心也很矛盾，她不想再这样拖累丈夫，想一死了之，但是又渴望得到丈夫的呵护。
詹姆士走后，她天天都在病床上期盼着能再见到詹姆士，可惜他再也没有出现。病入膏肓的玛丽临死前留下了两封信，一封是给詹姆士的，希望他明白自己的心意;另一封是给病中好友劳拉的，希望她不要过多的指责詹姆士。
詹姆士认为是自己在妻子最需要他的时候而离弃妻子，是自己对妻子的不忠才导致妻子死亡的，从而潜意识里不断的自责，“罪恶感”也随即产生。
游戏中詹姆士遇到玛丽亚(Maria)，一个长相酷似妻子的女子，但她一身耀眼的红色装扮和性感开放的个性，加上富有挑逗性的语言和动作，都和妻子形成鲜明的对比。
这也是詹姆士潜意识中所需要的完美妻子的形态。而一直追杀玛丽亚和自己的三角头怪物(Pyramid Head)，也是詹姆士潜意识中“犯罪感”的一种体现，所以他也一直杀不死这个怪物。
每次三角头怪物出现都在做跟性有关的事情：强奸或性虐待，这是由于妻子从生病一直到现在，詹姆士都是过着单身生活，作为正常男人生理上必然会产生了性压抑和性幻想。
攻击詹姆士，是因为他一直想惩罚自己的潜意识;而攻击玛丽亚，是因为他一直认为是自己害死的玛丽。
而最后与三角头怪物的决战，表示詹姆士潜意识中的“犯罪感”已经逐渐在消除，他即将摆脱一直缠绕自己的精神束缚。
除了玛丽亚，詹姆士在寂静岭还遇到了劳拉(Laura)，艾迪(Endy)，安吉拉(Angela)。
劳拉是一个年仅8岁的小女孩，天真无邪的她心中没有任何罪恶，所以在寂静岭来回游走的她，从来不受怪物的骚扰。
因为曾经和玛丽同住一间病房的时候，深受玛丽的照顾，所以对玛丽非常信任，也很喜欢玛丽。
但后来玛丽病情恶化的时候，由于情绪变化很大，经常指责詹姆士，詹姆士最后离弃了玛丽。
这些都被年幼无知的劳拉看在眼里，还一直认为是詹姆士对玛丽不好。
所以，在整个游戏里一直和詹姆士作对，而每一次都在加深他内心的痛苦，尤其是站在墙头说“其实你根本一点都不爱玛丽”的一幕，更是让詹姆士彻底的陷入自责中。
而艾迪从小父母离异，没有家庭温暖的他，性格也变的很怪异。
由于一直被别人嘲笑，内心非常自卑，长期的精神压抑，狂怒之下将嘲笑自己的人杀死，从而内心的罪恶感也产生，在寂静岭一次又一次的杀人场面重演，不断的刺激着安迪的潜意识。
在内心痛苦挣扎的他，最终被詹姆士杀死，得到了应有的惩罚。这反而加重了詹姆士认为“自己是杀人凶手”的念头，使他内心的自责进一步加深。
另外一个人物安吉拉的身世中一直有个疑点，从游戏的进行中可以看的出，她精神状态很不稳定，有人格分裂和自杀倾向。
她一家人的死已经成为事实，而且父亲是被她杀死这点也可以确定，但她为什么会杀了自己的父亲以及她母亲和哥哥是怎么死得，游戏里交代的很含糊。
根据游戏进行，我感觉他父亲醉酒后经常对她性侵犯，所以她才杀了自己的父亲，而母亲和哥哥死可能是因为他们对父亲强暴她的事情不加以阻止，所以她愤恨之下将其杀死。
她来寂静岭完全是为了找妈妈，这也说明她潜意识里对妈妈的死存在着愧疚感，有一次甚至把詹姆士误认成自己的母亲，更说明她一直在逃避现实，用幻想来麻痹自己。
而且游戏中期她对詹姆士说“你不必对我这么好，你们男人对女人好都是为了那事，你还不如直接强迫我”和后期她走进火海前说“我母亲说我是罪有应得”这两句话，却又和我前面的推断有了矛盾，难道事情还另有内情。
我突然又产生一种想法：会不会是她精神上性格分裂的问题，产生了畸形的思维方式，先诱惑醉酒的父亲发生性关系，然后处于另一种人格下的她又将其杀死，包括全家的人，然后就利用幻想来为自己解脱。
当然，这些只是我个人的一点猜测，证据不足。
而当她最后走进火海的时候，说明她已经认识到自己所犯的罪必须受到惩罚，逃避解决不了潜意识里的罪恶感，只有死才是唯一的解脱。
这点也让詹姆士反省自己，他也在逃避妻子，逃避妻子的死亡，现在是他该面对一切的时候了，所以他一定要在寂静岭将事情做个了结。
三代剧情
代达里娅(Dhalia)的“召神”仪式被哈里(Harry)破坏后，哈里带这艾丽莎(Alessa)临死前留下的转身圣女逃离了寂静岭，并给这个圣女起名为海瑟(Heather)。
教会因为达里娅之死，由克劳蒂娅(Claudia)继位，成为新的教会领袖，她是艾丽莎年幼时候的好朋友，同时也是最虔诚的教徒，对神的信奉已经达到了另人发指的地步。
为了找回圣女而派教众四处追杀哈里，哈里带着海瑟不断的在各个城市之间游走。
老侦探道格拉斯(Douglas)的调查报告中提到，海瑟12岁的时候，哈里曾经杀死一个人，但被判正当防卫而无罪释放，然后父女两人立刻离开当地。
从这个报告中可以看出，父女俩一直为躲避教会的追杀而居无定所。故事也就从这里开始了。
海瑟17岁的时候，与父亲暂时定居在这个城市中。但克劳蒂娅竟然雇佣了一名私家侦探道格拉斯来找寻他们的踪迹，而经验丰富的道格拉斯很快的就在这个城市找到了他们的居住地。
在其劝说海瑟跟他一起去见克劳蒂娅的同时，教会的杀手已经闯进哈里家中将其杀害。回到家的海瑟，见到父亲的尸体，心中的痛苦完全被仇恨所覆盖，她发誓要杀了克劳蒂娅为父亲报仇。
而老侦探道格拉斯也知道自己被利用了，深感内疚的他决定陪同海瑟一起去寂静岭。
说到这里就不得不提一下重要资料“哈里的日记”，里面可以了解到这个故事发生的大概时间和一些线索。
其中哈里提到自己曾经犹豫过，海瑟的出现让他痛失了自己的爱女谢瑞尔，痛苦的他试图用双手掐死她，但最终善良的哈里还是把海瑟当亲生女儿一样抚养长大，并且深爱着她，为了不伤害海瑟，哈里一直隐瞒着她的身世。
知道了所有事情的真相，坐在车上的海瑟伤心的留下了眼泪，“我还没机会告诉你，你让我有多幸福”海瑟说出了自己一直想对父亲说的话，父亲也再没有机会听到的话，而这句话也将整个游戏伤感气氛烘托到了极点。
在此期间，海瑟还遇到了教会的“智囊”文森特(Vincent)，在他的出谋划策下，教会日益壮大，有了自己的教堂和隶属于教会的慈善机构孤儿院(Silent hill Smile Support Society简称4S)。
他是教会的功臣，但与克劳蒂娅的观点相反，他非常崇尚拜金主义，虽然也非常信奉神的存在。
但主要是借助教会之名收敛钱财，他认为神降临后创建了天堂，就不能满足他的金钱欲望了，所以千方百计的破坏仪式的举行。
还利用海瑟去医院找克劳蒂娅那个已经变成怪物的父亲雷纳德(Leonard)，如果海瑟死了就可以直接破坏仪式，如果雷纳德死了，就可以获得The Seal Of Metatron，利用这个封印去和克劳蒂娅对抗(1代的艾丽莎就是用它与母亲达里娅抗衡的)。
随着海瑟在寂静岭四处找寻克劳蒂娅踪影，她还得知了克劳蒂娅另一个可怕的阴谋。
克劳蒂娅杀了哈里，是为了使海瑟心中充满杀父仇恨，并且制造幻象使海瑟眼中把大量的教徒看成怪物，从而在不断的撕杀中激发海瑟内心的杀戮感，使海瑟体内的“神”得到良好的生长环境。
克劳蒂娅认为，在血腥和仇恨中诞生的“神”绝对是最强大最完美的。
了解克劳蒂娅阴谋的海瑟最终在教堂遇到了这个“虔诚”的教徒，文森特的如意算盘并没有奏效，封印没能够阻止仪式，克劳蒂娅也一刀解决了这个教会的叛徒。
海瑟突然想起了父亲留给她的项链里的一颗红色药丸Aglaophotis，1代最终逼出怪物的驱魔圣物，吃下它的海瑟吐出了一个蠕虫状的怪物：所谓中“神”的本体。
海瑟正想一脚踩死它，疯狂的克劳蒂娅将其吞食到自己的体内，但由于她不是真正的Mother of God的母体，所以变成了一个畸形的怪物，很快就被海瑟消灭了。
整个故事也到这里暂时终结了，3代基本上将1代的剧情补完，虽然某些细节上还存在着不清楚的地方，但整个寂静岭的宗教框架已经建立起来。
3代按照系列的惯例还是留下了伏笔，新增的人物介绍也只能从晦涩的语句中摸索和猜测，根本找不到具体的资料。一直暗恋海瑟的精神病人，游戏的最后也没做出解释。
4代剧情
我一直认为是有两个主角的，一个是由玩家操控探索真相的“表主角”亨利，一个是围绕他展开整个事件的“里主角”沃特。
而整个寂静岭4就是讲述了沃特为了达成自己对母爱的追求进行的21圣礼，而亨利和艾琳，在21圣礼中分别是第20和第21个牺牲者，即”母亲“和”智者“。
亨利被锁在房间里也是沃特为了让他达成”智者“的要求，让他通过”洞“去见证剩余几个牺牲者的死亡并了解一系列凶杀案和圣礼的真相——只是因为亨利住进了302房间而已。
关于脐带，一个是在地铁中出现在巨大肉肠(好奇怪的说法)，一个是亨利在和沃特决战的时候拿到的盒子里的那一条。
前者仅仅是象征母亲和孩子之间的联系，可以说是沃特恋母情结的具象化;后者则是真实的沃特出生时，他的收养者(即二代主角詹姆斯的生父)留下的。
关于21圣礼，就是沃特听信寂静岭教会(希望之屋是专门为教会培养”后备成员“的)对他的唆使，认为302室就是自己的妈妈，而要想真正实现两者之间的转变(即母亲复活)就一定要实行21圣礼。
而作为代价，21圣礼的成功一定要有21个牺牲者，那些怨灵就是之前的死者。
每一个牺牲者都有各自的称号，其中有无辜者也有罪有应得的人，例如称号为”诱惑“的辛西娅，自小就风流的她因为嘲笑过幼年的沃特而成为了一个牺牲者，还有水牢的管理员，同样因为殴打过希望之家的孩子(并且和小沃特起过激烈冲突)而身亡。
至于那个结巴Jasper，他曾经和另外两个同学潜入Pleasant River大学，但因为胆小自己跑掉了(那两个倒霉蛋也成为了21圣礼的牺牲品)，而他在十年之后，还是没有躲过死亡的命运，自焚在了希望之屋里，也是圣礼的一部分。
而Richard，他性格十分恶劣，非常讨厌小孩，而且邻居mike又总是惹恼他的根源——所以当他看到小沃特敲着302的门时，可想而知他对怎么对待他。
而且游戏的剧情当中也能看到他拿着手枪威胁小沃特，这就是他成为第十九个牺牲者的原因。
至于艾琳，她曾经友善地对待过孤零零的小沃特，并且把自己的娃娃给了他(就是游戏中沃特给亨利的那个)，于是就被选为了”母亲“，也许是沃特想像爱妈妈一样地爱着艾琳吧。
当然游戏中还有一个关键人物，就是第15号牺牲者约瑟夫。
本职是记者的他因为住进了302室便也被揪进了整个事件中。
他遭遇了和亨利所遇到的完全相同的经历，也是通过”洞“往返于现实和寂静岭，并尽自己所能调查这整个事件的真相，并留下了一系列资料，游戏进行到后期都可以收集到。
可以说他最后几乎已经触摸到本质了，但”智者“不是他，所以他的结局也只能是早早地死去。BOSS站之前的302里，那个天花板上倒立的胸像就是约瑟夫。
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