游戏将时间背景设定在2011年，由普莱斯上尉和盖兹带领的英国空降特勤部队在雨夜突袭了一艘位于白令海上的可疑货船。潜入突袭任务十分顺畅，并发现了船上竟然藏有核武器。可这时，货船突然遭到了米格战机的轰炸，整艘船即将沉入海底。在搜集到核武器相关货物清单并逃离后发现，这批货物把俄罗斯境的极端民族主义组织与中东的反叛派系联系到了一起。同时，伊姆兰·扎卡耶夫这个俄罗斯极端组织的头目浮现出来。
然而这对于钱队来说，仿佛是旧日的噩梦重现。在15年前，扎卡耶夫已经因为其极端主义行为与强力的军事力量而成为整个世界的巨大威胁。英国率先对其展开了军事行动，但因舆论压力，此行动只能秘密进行。参与这次行动指挥的是内特·麦克米兰，而另一位就是现在的钱队，普莱斯。他们的目标是在乌克兰的普里皮亚季刺杀扎卡耶夫，这里是扎卡耶夫售卖核废料的天堂。十分可惜的是，在该行动中未能直接射杀扎卡耶夫，只是把他的左臂打断，这也为15年后的所有事情埋下了伏笔。
回到15年后，俄罗斯反政府武装与政府军正式爆发内战。扎卡耶夫也借机重返国际舞台，主张让世界重回两个超级大国的冷战对峙时期。并组织了一个名为“天启四骑士”的武装部队，然而，在上文中出现的中东地区反叛派系只是伊姆兰·扎卡耶夫的障眼法，这是他为了转移国际社会对他注意力而特意资助的叛乱行动。扎卡耶夫与中东叛乱头目卡立德·阿拉萨德早有预谋，令在中东地区进行维和行动的美军部队付出了惨重的代价。
为了与扎卡耶夫和他的部队对抗，普莱斯上尉带领空降特勤队、格里格斯上士带领海军陆战队第一武装侦察连余部还有卡马洛夫中士带领俄罗斯部队联合行动。他们试图抓住扎卡耶夫的儿子维克托来得知他父亲的行踪，但维克托最后被逼至绝路自杀。这也激怒了扎卡耶夫，他谴责整个西方社会都要为他儿子的死负责。于是，他带领军队占领了俄罗斯某军事基地，将30多枚装有核弹头的洲际导弹瞄准了世界各地。经过奋战，众人成功阻止了导弹发射。但在撤退途中遭到了扎卡耶夫的围追堵截，在千钧一发的时刻，主角肥皂用钱队扔过来的枪击毙了疯狂的扎卡耶夫。至此，《使命召唤：现代战争》初代的剧情就告一段落。
