噬神者3的剧情紧跟二代，2代之后发生了一起灰域事件，作为3代舞台的欧洲大陆，周边被灰域包围和外界的支部失去联系，而芬里尔本部也被灰岚吞噬。灾难过后幸存下来的一个师团建立了一个独裁政府，安排残存的人类在仅剩不多的未污染区域建立据点苟活。一般神机使无法承受灰域里的侵蚀污染，于是政府主导开发了新一代的神机使age。拥有双倍的腕轮age，各方面都远比一般神机使强，却在这个社会里过着最底层的生活。
主角就是age中的一员，被政府奴役，在污染区坐着各种底层工作，平时腕轮会并在一起当手铐，住在牢房里，没有任何人权，有时候还被当成消耗品派出去送死。后来一场风暴摧毁了主角所在的据点，据点管事扔下age众人逃跑，幸好主角一行人碰到还比较有人性的一个船长收留了他们，开始走向自由之路。
主角等人后来在战斗中爆发出强大实力，击败了很多age都能打倒的敌人。名声大振，还参加了政府主导的芬里尔本部夺还计划。虽然主角队在这次行动中立下赫赫战功，但政府却没有任何嘉奖和表示，然而要征集包括他们在内的age成员成为大型兵器奥丁的一次性电池（用完就死），用来对抗大灰岚。
此举引发了大量age成员的反抗，他们集体出走，躲在污染区内。面对即将袭来的大灰岚，政府决定赶鸭子上架把已经收集到的age塞进奥丁，萝莉荒神主动来到芬里尔要求用自己来替代age对抗灰岚，然后主角一行赶到现场帮助萝莉控制了暴走的机甲，一切生物都互相理解了，灰岚退去。
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